Primordi francescani
La presenza di S. Francesco a Gubbio è legata principalmente alla famiglia Spadalonga, che ospitò generosamente il Santo all’epoca della sua conversione evangelica e gli regalò un taglio di abito da penitente.
Dopo una breve permanenza presso il monastero benedettino di S. Verecondo a Vallingegno, S. Francesco si dedicò totalmente all’assi stenza dei lebbrosi dell’ospedale di S. Lazzaro.
Insediamento francescano
Il b. Villano (+ ca. 1237), vescovo di Gubbio, amico di S. France sco, desideroso di avere nella sua città i frati minori, nel 1213 chiese ed ottenne per loro dai monaci dell’abbazia di S. Pietro l’antichissima chiesa di S. Maria della Vittoria, detta comunemente «Vittorina».
I frati minori si trasferirono in seguito, per motivi di apostolato, «in campo mercatali», dove sorgevano un tempo le case, il fondaco e gli orti della famiglia Spadalonga (ca. 1240). Il convento, definito delle «cento celle», costruito attenendosi ai dettami della povertà, razionalità, funzionalità, articolato in due chiostri (chiostro maggiore e chiostro della pace), non fu soltanto luogo di pietà e di preghiera, ma anche cenacolo di studi e di cultura, di memorie patrie e di celebrazioni cittadine, sede di importanti Capitoli provinciali e «caput custodiae sui nominis in Umbriae Provincia S. Francisci».
Accanto al convento fu edificata la chiesa di stile ogivale, partita in tre navate absidate, retta da 16 piloni ottagonali. Ultimata già nel 1254, forse fu ampliata intorno al 1290 dal celebre architetto silvestrino, Fra Bevignate.
Nel 1256, con la bolla datata 4 luglio, Alessandro IV concede va cento giorni di indulgenza ai devoti visitatori per le feste di S. Francesco, di S. Antonio e di S. Chiara.
Il 13 aprile 1291 Nicolò IV concedeva altre indulgenze a quanti avevano cooperato «ad perficiendam ecclesiam».
Nel secolo XVIII la chiesa subì un radicale rimaneggiamento, quando, in ottemperanza ai nuovi canoni estetici, adottò una contenuta formula barocca che comportò l’occlusione totale delle absidi, l’erezione di numerosi altari laterali, il mascheramento della primitiva copertura a capriate e la scomparsa di pregevoli affreschi didascalici. Il progetto fu stilato dal conte Berardi e tradotto in opera da Domenico Ragione, sotto la diretta soprin tendenza del Benti voglio e del Fabiani.
La solenne riconsacrazione del tempio fu celebrata da Mons. Giacomo Cingari, vescovo di Gubbio, il 25 agosto 1754.
I restauri del 1938 – 1942, effettuati ad iniziativa dei frati minori conventuali e sotto la guida della Soprintendenza Umbra, liberarono la zona absidale e le prime tre campate delle navi dalle strutture barocche, portando alla luce interessanti cicli di affreschi, fra i quali merita speciale menzione quello dedicato alla Vergine ed eseguito, nei primi del ‘400 dal grande pittore eugubino Ottaviano Nelli nell’abside «in cornu evangeli».
Nella chiesa sono sepolti: Bonaventura Pio Fauni (+ 1562), Egidio Beccoli (+ 1650), Antonio Agostino Mariani (+ 1780), teologi, e i beati Bartolomeo Baroni, OFS, (+ 1236), Franceschina, OFS, (+ 1255), Pietro da Gualdo (+ 1367).
Soppressione e retrocessione
Il convento fu soppresso nel 1860 e fu adibito lungamente dal demanio come sede di uffici governativi. I frati, che continuaro no sempre ad officiare la chiesa, già nel 1870 ottennero alcuni vani del convento (che nel frattempo era passato al comune di Gubbio) ed altri ne ebbero in anni successivi: nel 1896 (in coincidenza con il movimento degli occhi dell’immagine della Madonna della Misericordia), nel 1926, nel 1929, nel 1930.
La retrocessione dell’intero storico complesso avvenne nel 1956, anche se l’uso effettivo ebbe inizio nel 1960, a seguito del trasferi mento della caserma dei Carabinieri e del carcere.